6.0 Editar, ordenar, cortar y grep

Autora: Dra. Alejandra Rougon

Este trabajo está bajo la licencia Creative Commons Atribución-NonComercial 4.0 Licencia Internacional.

🔍 Objetivos de aprendizaje

Después de completar esta lección aprenderás cómo:

Editar archivos en la línea de comandos
Ordenar el contenido de archivos en orden alfabético y numérico
Cortar columnas de archivos
Buscar cadenas específicas dentro de archivos

Ya has aprendido cómo crear un archivo con cat > New_file, sin embargo, catno es un editor de texto. Existen varios editores de texto para la línea de comandos. Los más comunes son vi, vim y nano. En tu terminal virtual tienes un editor de texto con una interfaz gráfica. Sin embargo, cuando trabajes de manera remota en un cluster bioinformático para Cómputo de Alto Desempeño [HPC] es muy probable que no puedas usar ningún software con interfaz gráfica. Así es que es muy importante que aprendas a usar editores de texto en la línea de comandos.

`vim` & `vi`

Los editores de texto vim y vi son muy similares. Aprenderemos los comandos más importantes para vim y también funcionarán para vi. Sin embargo si quieres aprender más opciones puedes ver la documentación de vim.

Crear un nuevo archivo vim Name_Of_File
Editar el archivo con i de insertar
Guarda los cambios y sal del archivo Esc :wq!
Sal del archivo sin guardar cambios Esc :q!

Ahora vamos a crear un directorio dentro del directorio Documents llamado Practice. Ahora ve dentro de Practice y crea un archivo llamado numbers.txt Now let's create a folder inside the folder Documents named Practice. Then go inside Practice and create a file called numbers.txt

$ cd /root/sandbox/Documents
$ mkdir Practice
$ cd Practice
$ vim numbers.txt

Entrarás a una nueva pantalla

Después tienes que teclear i para poder insertar texto. Ahora escribe el siguiente texto:

Cuando hayas terminado de editar tu archivo, tienes que guardar los cambios y salir con la tecla Esc seguida de :wq! y Enter.

Puedes verificar el contenido con less, more or cat. Nota: *No agregues > cuando abras un archivo para leerlo, ya que si lo haces eliminarás el contenido previo y se escribirá sobre él.

$ cat numbers.txt
1
3
2
12
$

`nano`

La ventaja de usar nano es que no tienes que aprenderte el menú, ya que se muestra en la pantalla. La tecla Ctrl es especificada por un ^. El problema de nano es que algunas veces no está instalado en los servidores. Así es que tendrías que instalarlo.

Crear un archivo nano Name_Of_File
Guardar los cambios Ctrl + o Enter
Salir Ctrl x

Vamos a crear un archivo llamado toygenes.txt en el mismo directorio Practice.

$ nano toygenes.txt

Después verás la siguiente pantalla donde puedes editar tu archivo.

En esta ocasión vamos a escribir un archivo tabular. Eso significa que será un archivo con columnas y que van a estar separadas por una tabulación utilizando la tecla tab en lugar de la barra espaciadora. Escribe el siguiente texto (utilizando un tab después de cada nombre.

fly 20  
apple   10
bear    40
tomato  30

Para guardar los cambios [write out] teclea Ctrl o Después verás esta pantalla

Sólo presiona Enter y luego salte con Ctrl x

Recuerda verificar que tu archivo está correcto.

`sort`

El comando sort es usado para ordenar un archivo. En otras palabras, acomodar las líneas en una list en un orden en particular. Por defecto, se ordenan en orden alfabético.

Inténtalo con el archivo toygenes.txt

$ sort toygenes.txt
apple   10
bear    40
fly     20        
tomato  30

sort también ordenará los números en orden alfabético. Para ordenar los números en orden numérico necesitamos la opción -n.

$ sort numbers.txt 
1
12
2
3
$ sort -n numbers.txt 
1
2
3
12
$

Si tienes una mezcla de letras y números, puedes usar la opción -V para ordenar numéricamente, como en las versiones de software. Como en el siguiente ejemplo.

Ahora crea el archivo llamado amounts.txt con el siguiente contenido:

Puedes usar cualquier editor de texto que prefieras.

El comando sort tiene varias funciones útiles. Si quieres ordenar en orden reverso usa -r

$ more amounts.txt 
10
50
20
30
$ sort -r amounts.txt 
50
30
20
10
$

También puedes ordenar un archivo especificando una columna en particular con -k. Por ejemplo, vamos a ordenar toygenes.txt basándonos en la segunda columna.

$ more toygenes.txt
fly 20    
apple   10
bear    40
tomato  30

$ sort -k 2 toygenes.txt
apple   10
fly 20
tomato  30
bear    40

Puedes también ordenar un archivo y eliminar duplicados para obtener únicamente los registros únicos con -u. Por ejemplo, inténtalo con el siguiente archivo.

$ more species.txt
fly
fly
apple
apple
apple
bear
tomato

$ sort -u species.txt
apple
bear
fly
tomato

Recuerda que siempre puedes guardar los resultados dirigiendo la salida con > a un nuevo archivo.

$ sort -u species.txt > sortunique.txt
$ more sortunique.txt
apple
bear
fly
tomato

También puedes ordenar meses con sort -M

$ more months.txt
March
January
February
April

$ sort -M months.txt
January
Febrary
March
April

`cut`

El comando cut corta columnas específicas, por defecto separadas por una tabulación tab. Puedes especificar la columna con -f de field. Selecciona la segunda columna por el archivo toygenes.txt.

$ more toygenes.txt
fly 20
apple   10
bear    40
tomato  30

$ cut -f 2 toygenes.txt
20
10
40
30

Para cambiar el separador se utiliza -d. Por ejemplo, para una lista que tiene columnas separadas por espacios

También puedes seleccionar columnas especificando la posición de los bytes con -b. Para ver más opciones, recuerda que siempre puedes ver el manual man cut.

`grep`

Uno de los comandos más útiles es grep, el cual te permitirá hacer búsquedas de cadenas. Imprimirá sólo las líneas que contienen la cadena que hayas indicado. Por ejemplo, vamos a buscar la cadena tomato en el archivo toygenes.txt

$ more toygenes.txt
fly     20        
apple   10
bear    40
tomato  30

$ grep 'tomato' toygenes.txt
tomato  30

También puedes buscar el inverso de la cadena con -v. Te mostrará las líneas que no contengan la cadena.

$ grep -v 'tomato' toygenes.txt
fly     20        
apple   10
bear    40

También puedes contar el número de ocurrencias con -c. ¿Cuántas líneas contienen la letra a en toygenes.txt?

$ grep -c 'a' toygenes.txt
3

🔑 En esta lección has aprendido a:

Editar archivos en la línea de comandos con vim, vi & nano
Ordenar el contenido de un archivo en orden alfabético o numérico con sort
Cortar columnas con cut
Buscar cadenas específicas dentro de archivos con grep

6.0 Editar, ordenar, cortar y grep

🔍 Objetivos de aprendizaje

vim & vi

nano

sort

cut

grep